汪精卫恼羞成怒，于1940年11月19日亲自下令将黄逸光与黄征夫逮捕。1940年12月17日上午8时，黄逸光与邵明贤一道，在南京雨花台刑场被枪杀。
戴笠
抗战期间，国民党军统南京区为打击汪伪政权的核心人物，在南京策划实施了多起暗杀事件和情报活动。
两次被抓的尚振声、钱新民
1940年春，重庆军统本部任命邵明贤继任军统南京区区长。邵明贤于1939年冬来到上海，利用其与梅思平的关系，到南京任伪首都警察厅督察长，不久调任伪中央党部总务处处长。邵明贤在南京秘密发展组织，搜集情报，在汪伪中央党部的官舍中设置秘密电台，与重庆军统联系。不久，邵明贤接到军统本部的命令，要他在汪伪政府举行“总理纪念周”或大型宴会时，刺杀汪精卫等伪政府大员，邵明贤也做了积极准备。但由于他的无线电波被汪伪特工监听察觉，导致他和军统上海特派员钱新民、南京区副区长尚振声等人被逮捕。1940年12月17日，邵明贤被枪杀于雨花台刑场。而军统特务钱新民答应“悔过自新”，尚振声则被周佛海担保获释。后来，两人均被汪伪政府的军警机关录用。
钱新民和副区长尚振声等人在被释放并被汪伪政府录用后，又秘密和重庆军统联系上。钱新民继续在上海“76号特工总部”潜伏，尚振声则担任汪伪驻南京的独立第七旅(旅长张瑞京)的参谋长，还受过汪精卫的接见。尚振声在该旅安插了自己过去的部下徐惟银等十余人，并筹划在汪精卫来该旅视察时，由枪法精准的徐惟银开枪将其击毙。但因重庆军统总部汇给尚振声的一笔经费被日方特务机关截获，导致了汪伪的怀疑。1941年11月8日晚，尚振声及其部属徐惟银等人在南京再次被抓捕，并被移押上海汪伪特工总部。1942年1月8日清晨，尚振声和另一位潜伏在上海活动的军统人员平祖仁一道，被枪杀于沪西刑场。在这之前，钱新民也被汪伪枪杀于上海。
准备“徒手将汪精卫掐死”的黄逸光
1940年夏秋间，军统派遣特工人员黄逸光、黄征夫来南京谋刺汪精卫。黄逸光原籍广东赤溪，自幼侨居墨西哥，练就了一副强健体魄，臂粗力大，早在1925年，曾约集友好徒步环游世界，在巴黎的欢迎会上与汪精卫相识，并合影留念。1938年初，他正在非洲旅行时，听说日军攻陷南京，于是赶回祖国，在武汉再次见到汪精卫，并经汪精卫介绍到昆明航校受训，加入中国空军，成为一名飞行员。汪精卫叛逃并在南京组织伪政府后，急于招揽人才，于是让其妻弟陈辉祖致密信于黄逸光，利诱其在中国空军中组织“和平运动”，叛逃至南京。黄逸光不为所动，并将此事报告上级。重庆军统感到这是打入南京、谋刺汪精卫的好机会，就吸收黄加入军统组织，稍作培训后，就派他前往南京实施暗杀，并派黄征夫随行协助。黄逸光来到南京后，凭着与汪精卫的旧日关系，被伪政府委以伪教育部专员及伪中央宣传部编审等职，由于与汪精卫的接触机会不多，因而一时难以下手。不久，伪特工总部从被捕的钱新民材料中，获悉关于黄逸光与黄征夫的真实情况，就迅速报告了汪精卫。汪精卫恼羞成怒，于1940年11月19日亲自下令将黄逸光与黄征夫逮捕。1940年12月17日上午8时，黄逸光与邵明贤一道，在南京雨花台刑场被枪杀。由于黄逸光是知名的大力士，因而在此案发生时，南京社会上传闻，黄逸光的暗杀手法是准备在汪精卫单独接见时徒手将汪掐死。这一不太准确的消息却让南京市民津津乐道了很长时间。
潜伏到抗战胜利的程彭小组
1939年底，军统派遣到伪满洲国工作的高级特工人员程克祥、彭寿、彭盛木等人在途经上海时，接到密令，要他们打入汪伪集团从事秘密工作。程克祥等人通过上海帮会首领徐朗西的关系，投到周佛海、罗君强的门下。1940年3月30日汪伪政府在南京成立后，程克祥在罗君强任委员长的伪边疆委员会内任藏事处处长，彭寿则任该委员会的秘书。后来程克祥转任伪社会运动指导委员会的总务处处长，彭寿任伪财政委员会的常务委员。彭盛木则因精通日语，在伪财政部任参事，兼任周佛海的日语翻泽。他们利用其职务，结交汪伪政府军政官员，获取各种情报，传递给重庆军统。重庆军统内称程克祥等人为程彭小组。
1942年1月初，程彭小组的身份被汪伪特工侦破。程克祥等3人在严刑拷打下被迫承认了自己的真实身份。周佛海出于自身利益考虑，让人保释程克祥等3人，并恢复了他们的原来职务。彭盛木在获释后不久即死去，有说是受刑伤重死去，也有说是被日本特务机关派人毒死。程克祥、彭寿则被周佛海安排到上海工作。周佛海利用程克祥、彭寿的军统身份，与重庆军统戴笠建立了直接联系，以为自己留条后路。
1942年10月底，程克祥奉周佛海指示，携周佛海的亲笔信回到重庆，向戴笠报告了周佛海希望建立秘密电讯联系的要求。1943年5月3日程克祥携带戴笠的信回到南京，对周佛海进行劝导，希望他“戴罪立功”，并挑拨其与汪精卫的关系，分化汪伪政权。军统还派遣督察室上校科长周镐、报务员陈士达、译电员李连青，携带一架电台，随程克祥一同来到南京。陈士达、李连青由周佛海掩护，在南京架设起秘密电台，专门为周佛海联络重庆。
程克祥、彭寿在上海依靠周佛海的掩护，很快成立军统“京沪区”，程克祥任区长，彭寿为副区长，指挥上海、南京以及苏南地区军统潜伏人员。1944年，他们曾将日军发动湘、粤、桂作战的情报报告给重庆，其情报工作一直进行到抗战胜利。
军统的“爆炸暗杀”
抗战期间，国民党军统特务还对汪伪首脑实施了多起“爆炸暗杀”。1941年3月，军统派遣“忠义救国军”南京行动总队的处长兼督察室主任王愈、行动员朱培生潜入南京。二人乘日伪当局要员出面活动之时，在南京大戏院、丽都花园投掷炸弹，炸死、炸伤汉奸多人，使得日伪要员心惊胆战，多时不敢到公开场合活动。1943年1月，强一虎潜入南京。在1943年1月14日汪伪国民党在南京召开六届四中全会的开幕式当天，强一虎在南京市中心夫子庙贡院东街新亚舞厅汪伪特工的情报据点内制造了一起爆炸案，炸死一名汪伪特务，造成很大的影响。
