到西夏鼎盛时期时，黑水城已不再是一座单纯的军事城堡，逐渐变成一座经济、文化都较为发达的繁荣城市。当时的黑水城内，官署、民居、店铺、驿站、佛教寺院以及印制佛经、制作工具的各种作坊布满了城区，一派繁荣昌盛的景象。这种情况大约持续了近200年之久。
黑水城图片
黑水城遗址
公元1226年，北方“蒙古汗国”的成吉思汗率领大军征伐西夏，首先攻克了黑水城，并由此南下，直取西夏的国都中兴府，次年，西夏灭亡。元朝建立后，黑水城依然沿用。而且受到元朝统治者的重视。当时这一地区划归甘肃行省，称“亦集乃路”元朝在这里设置了亦集乃路总管府，管辖这一地区及西宁、山丹两州。
由于黑水城是漠北通往内地的重要交通枢纽，元朝统治者不仅派遣了大量军队来黑水城驻防，还从各地迁来许多汉族和蒙古族人，来这里与当地人共同发展农牧业生产。当时，各族人民利用额济纳河的水利资源开渠造田，经过数十年的奋斗，先后屯田近万亩。
元朝时期，由于经济的发展和人口的不断增加，原来的黑水城已不能满足需要。于是在原有城池的基础上，对城市进行了扩建改造。扩建后的黑水城，东西宽450米，南北长380米，是原来城市面积的3倍。扩建后的城市，不仅增加了城区面积，而且加强了城市的防御能力。当时的黑水城，城墙高达10米，城内有登城马道7条，设有宽约6米的东、西城门两座，并在城门外加筑了瓮城。在四面城墙的外侧还修筑了马面、角台等御敌建筑。
黑水城图片
黑水城神秘消失的传说
风沙填埋一座城市也许需要更多的时间，但在当地却流传着这样一个故事：在隋朝时，有一天天气显得十分怪异，忙碌的人们虽然在心里嘀咕，但都无暇深究，在沉闷的城中往返穿梭着一个白发苍苍的老人，并高声叫卖他背的枣梨：“枣梨!枣梨!”虽然老人叫卖得非常起劲，但由于他的要价太高而无人问津，天黑之后，老人出城而去。
当时驻守此城的隋朝大将韩世龙闻听此事觉得十分蹊跷，百般思索之后恍然大悟：“枣梨不正是早离吗?”遂果断地率领全城军民离开黑水国。果然，在人们离开不久，狂风大作，风沙从天而降，整个城池很快被沙掩埋……这一传说还有史料记载，说韩世龙“去后一夕被沙掩埋”。原文地址：被沙掩埋的不仅仅是一个城池，连同黑水国一同沉睡在沙海之中的还有无数珍贵的文物。相信有一天对黑水国遗迹的勘察，总会揭开这个古城神秘消失的原因……
