总概括：中统全称是中国国民党中央执行委员会调查统计局，军统全称是国民政府军事委员会调查统计局。中统的创始人和领导者一直是陈果夫、陈立夫兄弟，具体负责的主要是徐恩曾，后来是叶秀峰。军统是戴笠，后来主要就是毛人凤了。中统和军统分别隶属于党务和军队，成为两者出身的鲜明标志。
一、出身不同
中统头目
1926年5月，国民党中央组织部代理部长陈立夫成立了“党务调查处”，职责局限于党员情况的调查登记，后来老蒋迫于“清党”和派系斗争的压力，调查科增加了“调查党员思想及派系隶属”的职能，成员也由十余人增加了数倍，其工作重心由党务工作转向特务工作。1938年3月，中统在老蒋的授意下成立。
军统戴笠任处长
1931年“九一八”事变后，老蒋因抗战不力，饱受舆论指摘。他有感于意大利墨索里尼的独裁打手“黑衫党”，在黄埔军校中挑选了忠心和能力俱佳的贺衷寒、戴笠、郑介民、康泽、桂永清、胡宗南等13人，成立以军人为主体的“复兴社”，内部设有核心组织“力行社”，下辖从事监视、刺杀、绑架等任务的“特务处”，戴笠任处长。1937年“力行社”“特务处"和国民政府军事委员会密查组合并，随后军统正式成立，仍由戴笠任局长。
中统和军统分别隶属于党务和军队，成为两者出身的鲜明标志。
二、组织不同
中统和军统在组织上略有差异。中统围绕局长室建立了人事科、专员室、第一、二、三组，经济调查处、交通处、研究室、统计处等处室。在重庆实验区和各省市设有调查统计室，各行政机构有调查室或工作组。1941年，中统全盛时期各类工作人员多达1.3万人，加上中统控制的党员通讯员，总数约20万人。
军统成立后，“其基本工作人员，共约七千人左右。”1937年底，南京失陷后，军统迁往重庆，内部组织分为设计委员会、特种技术研究室、经济研究室、...、缮写室、医务室等等部门。军统成员遍布军队、警察、行政机构、交通运输部门以及驻外使领馆等要害部门。1943年，军统和美国海军情报所合作建立了“中美特种技术合作所”。
与军统发展相对应的是系统内部人数的膨胀。军统由1942年的11230人扩张到1945年的约4万人。抗战后期，军统控制的武装力量约9万人，加上若干地方部队和伪军约80万人，仅军统内部少将以上的军官就超过百人，自身实力非同一般。中统和军统通过各自的组织，在不同的领域监控着国民政府的社会、经济、军事、外交等方面的运行。
三、运作方式不同
中统和军统的组织架构不同，决定了两者迥异的运作方式。
中统公开以“调查干事”、“调查员”或“通讯员”的名义，在各省市党部、行政机构、执法机关、交通部门安插中统成员。实际采取“重用叛徒、扩大自首潮流、以毒攻毒”的策略，期望顺藤摸瓜，攫取最大利益。中统的处事风格狠辣果决、行动迅速。
军统在运作中，分为内勤和外勤两部分。内勤以军统本部为主，发挥主导和联系的作用，相当于军统的“大脑”。外勤又有公开组织和秘密机构之分。公开组织是特务掌控的军事警察组织，秘密机构包括军统在各地建立的“区”、“站”、“组”等三级机构。
1938年底，汪精卫背叛国民政府，公开投靠日。老蒋恼怒不已，必欲除之而后快。1939年3月，汪精卫逃窜至越南河内。3月20日晚，在戴笠的策划下，军统派出以陈恭澍为首的秘密行动小组，在当地高朗街27号汪精卫住所实行暗杀任务，行动误击汪精卫秘书曾仲鸣，汪精卫逃过一劫。这次暗杀行动展现出军统对秘密行动的高度执行力。
中统和军统一明一暗，相辅相成，构成一个完整的特务体系。
四、发展轨迹不同
抗战的爆发，是中统和军统发展的分水岭。
抗战之前，是中统的黄金时期。1928年至1930年，中统“逮捕”中共人员过万名。抗战爆发后，中统在陪都重庆从未破获一个日伪间谍组织，从未抓获一名日谍汉奸。在沦陷区潜伏的中统特务几乎全部叛变投敌，如原中统特务丁墨村、李士群等人投靠汪伪政府后，在上海极司非尔路76号成立特务机关，对全国抗战局势造成了极大的破坏。
抗战之前，军统始终被中统压制，发展缓慢，鲜有亮点。在八年抗战期间，军统进入发展的快车道。1941年12月，军统截获日军计划偷袭美国珍珠港的重情报后，及时通知了美国，可惜美方并未重视。1942年，军统搜集各类情报6.5万余份。1943年，军统“总共有709个单位、59座电台，分布在中国国内各地，南洋各国”。
据统计，军统在抗战期间，发动针对日伪军的突袭595次，组织破坏行动2219次，击毙各类日伪人员18440人，击伤5500 余人，俘虏560余人，炸毁火车机车490余辆，车厢 1600余节，汽车500多辆，击坏飞机71架，损毁船舶400余次，炸毁铁路桥、公路桥250余座。通过这些行动，军统超越中统，晋升为“特务一哥”。
五、结局
抗战后，因为中统和军统的名声太臭了，蒋介石将这两个牌子改头换面进行重新整合。中统核心部分改为中国国民党党员通讯局，军统改为国防部保密局。
