人类在城市的密集定居会造成意想不到的后果，那就是疾病的流行和快速传播。长途贸易的扩大也意味着疾病可能会从世界的一个角落传播到另一个角落，并随着时间的推移形成大规模的疫情，特别是在航空客运出现之后。
在特定人群中，有些疾病只局限于一个地方。当地人已经习惯了，他们已经成为日常生死的一部分。但有时，一种外来的疾病会突然流行起来，一旦继续广泛传播，甚至跨越国界和大陆，就可能演变成一场大瘟疫。这样一个事件可以对人类历史进程产生巨大的影响。
医学历史学家似乎不喜欢对古代、中世纪或现代世界早期历史中描述的疾病进行回顾性诊断。“鼠疫”已成为不同时期不同致命流行病的总称，如《旧约》中提到的鼠疫，公元前430年至公元前427年雅典的鼠疫。第一次淋巴结鼠疫(鼠疫耶尔森氏菌引起的鼠疫，由小鼠和跳蚤传播，症状为淋巴结炎，腋窝和腹股沟有黑色肿块)的爆发是公元541-542年的查士丁尼鼠疫。疫情在地中海沿岸蔓延，造成该地区约四分之一的人口死亡。彻底摧毁了罗马帝国东山再起的希望。当时西罗马帝国虽然在一个世纪前落入日耳曼部落手中，但东罗马皇帝查士丁尼已经踏上了雄心勃勃的征服之路。瘟疫造成的混乱和破坏粉碎了他所有的统一梦想。
黑死病从亚洲蔓延开来，在14世纪杀死了欧洲大约三分之一的人口。它可能是淋巴结病、肺炎和出血性鼠疫的混合疾病。在欧洲的社会、经济和思想史上，黑死病成了一个转折点。
由于农业劳动力严重短缺，幸存下来的人要求更高的工资。对地主的镇压激起了农民起义。很多人把黑死病看成是上帝对信徒和教会的不满。于是，各种势力质疑教皇的权威，导致了16世纪的宗教改革。
14世纪的黑死病通过热那亚商船从黑海传到欧洲。16世纪，欧洲在新大陆的“发现之旅”也引发了类似的灾难(见此)。
亲爱的朋友，你们在哪里？那些至爱的面孔，你们在哪里？……是什么样的风暴淹没了他们？是什么样的深渊吞噬了他们？我们曾经济济一堂，现在却形单影只。
14世纪意大利诗人彼得拉克表达了黑死病幸存者的孤独
在20世纪初，我们在理解疾病的原因方面进行了一场颠覆性的革命，但这并没有阻止新流感的出现。虽然几个世纪以来流感时有发生，但1918年至1919年席卷全球的“西班牙流感”造成了前所未有的破坏。据估计，死亡人数在5000万到1亿之间，甚至超过整个一战，与其他流感疫情不同，西班牙流感的受害者大多在20岁到40岁之间，对人口结构影响很大。一些科学家现在认为，下一次大规模爆发只是时间问题。
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