清朝入主中原，亦靠漕运，沿明制设漕运总督，并专设“总漕部院衙门”机构。该官品秩为正二品，如兼兵部侍郎（类今国防部副部长）或都察院右副都御史（类今监察部副部长）衔，则为从一品。
漕运的历史甚为悠久，秦汉时就已开始实行。何谓“漕”？胡三省注《史记》“漕挽”云：“水运曰：漕，陆运曰：挽”。元明清之际，由沿海省份征收米石，沿水路运河直达北京通州，故称“漕粮”。因其重要，故自明代起，设漕运总督官职，专司职掌漕运。清朝入主中原，亦靠漕运，沿明制设漕运总督，并专设“总漕部院衙门”机构。该官品秩为正二品，如兼兵部侍郎（类今国防部副部长）或都察院右副都御史（类今监察部副部长）衔，则为从一品。乾隆十年后，都察院不设专员，御史规定由巡抚、河道总督、漕运总督兼衔。
漕运总督尊称“漕帅”
漕运总督权威重，有负责保障漕运的亲辖军队，仿地方总督、巡抚之亲辖部队“督标”“抚标”，而称之为“漕标”。《光绪会典》载：漕运总督所亲辖“漕标”共分本标左、中、右三营及城守、水师等共七营，兵额3400余人。辖制武职官佐，最高者为从二品的副将，并节制鲁、豫、苏、徽、赣、浙、鄂、湘八省漕粮卫、所（因上述八省漕粮归漕运总督管辖，其余省份粮务归地方总督、巡抚）。
漕运总督设衙门，非今人所想象称“总督衙门”，而称“总漕部院衙门”，衙址设于江苏淮安，不受当地巡抚、总督管辖，不受部院节制，直接向皇帝负责，可专折和密折奏事。总督按清代官场规矩，尊称“漕台”，因其领兵，故又尊称为“漕帅”。又因兼兵部侍郎及都察院右副都御史衔，故出行仪仗、官衔灯笼署“总漕部院”。沿海收粮起运、漕船北进、视察调度、弹压运送等，均需总督率官佐“漕标”亲稽。
每年漕船北上过津后，循例要入京觐见，向皇帝汇报漕粮运输完成诸事。清代皇帝非常重视漕务，如康熙皇帝，亲政时将“漕运”“三藩”“河务”并列为必须要解决的三件大事。今人说到道光皇帝，多与鸦片战争相联系，其实道光不仅节俭自律，对政务更是亲力亲为，“旰食宵衣，三十年如一日，不敢自暇自逸”。除了惩贪、吏治、清厘盐政等，他在“漕运”整顿上也花费了很大精力。他登基后首先急迫要抓的三件大事：调整中枢、治理河漕、平叛新疆，漕运亦列其二，可见重视。所以对漕运的官员甄选、查核，包括具体事务，并不松懈。他的政绩不仅在治河通漕，还开通海运输漕，在清代不失为创举。
明清巡漕御史监督漕运
咸丰年间因战事频仍，咸丰皇帝特令漕运总督节制江北镇、道。咸丰十年裁撤江南河道总督，其河工调遣、督护及守汛、防险事务，均由漕运总督所属漕标部队兼管，这是漕运总督权威最重之际。漕运总督出过不少名宦，清浊各分。直到光绪三十年河运全停，“总漕部院衙门”和漕运总督才被裁撤。这个机构对运河漕运生命线的畅通起到了不可替代的作用。
漕运总督节制八省漕粮，于每省设负责漕运的督粮道（又称“粮储道”），正四品。督粮道职责是监稽收粮，督押粮船直驰山东临清，待山东粮道盘验结束回任。山东粮道须待最后一批粮船抵通州才告回任。最后一批粮船按规定由漕运总督亲押至通州，并向皇帝述职后才可回任淮安衙门。
为监督漕运，明代还专设巡漕御史，负监察之责，权力极大，不受漕运总督节制，直接向皇帝负责，有权弹劾总督。清代亦仿明制，设巡漕御史四人，分赴稽查，襄办漕务。品秩不高，但职权令人忌惮，可风闻专折密奏。
相比较费力不讨好的河道总督，漕运总督在明、清两代可属肥差。我曾读野史，载某人受邀赴某漕运总督家宴，山珍海味，不一而足，其中有道菜不过是一盘猪肉，甚为鲜美。某人离席去解手，发现后院有数十头死猪，经问才知，每头猪只割一片肉，乃做成此肴，由此可见漕运总督家宴的气派与奢靡。该总督家肴，据说猪肉馔肴花样达50余种！（《金瓶风月话》）又因漕运总督与绅粮大户、漕帮（青帮）密切，故内幕甚多。当然，贪腐者还是少数，大多漕运总督还是肯忠于职守。漕运是中枢首善之区的生命线，玩忽职守处分是极重的。
贪官凶横引发陆名扬案
漕运总督在清代为一、二品大员。帽饰红宝石（二品为珊瑚），蟒袍为九蟒五爪（二品同），仙鹤补服（二品为锦鸡）；收入并不高，岁俸银180两（二品155两），年养廉银15000两至30000两左右（二品20000两以下）。
清代漕运积弊甚深，朝廷一直想整顿，道光年间曾派权倾朝野的穆彰阿两任漕运总督，以整顿滞运等弊。道光年间名臣陶澍也曾大力整顿漕务，并奏准苏州等地漕米改由海运，以杜绝弊端。虽然海运一旦实行可节约时间人力资金，但终未完全代替河漕。
另外，漕粮装运、征收、行船次序、期限管理及至运送时间、航行里数都有繁杂的制度，各省有船帮、胥吏勾结，正粮之外“耗米”、“耗费”横征暴敛，苦的是承担漕粮、漕运的船工和老百姓！清代道光元年就曾发生过一起所谓“把持漕务”的大冤案。清代学者包世臣曾写《书三案始末》，概括来说，是浙江归安人陆名扬看到漕粮弊端，而纠劾借漕粮征收敛财的地方官员。清代漕粮征收可以用银两替代，但因贮运过程有损耗，为弥补则制订多种附加费，其额度皆由官府决定，故州、府、县官吏趁机暴敛。陆名扬抓住归安知县徐起渭为浮收而伪造“八折收漕”朱牌，逼迫其“定约”：“每斛一石，作漕九斗五升，绝‘捉猪’、‘飞觥’诸弊。”
各地闻之纷起效仿，百姓负担大为减轻，但“府县恨名扬甚”，因为断了敛财的来源。故官吏们捏造陆名扬“纠约抗粮”“把持漕务”，这在清代是很重的罪名。差役逮捕陆名扬时，遭到百姓们的抵抗，差役落水而死。官府借机深文周纳“逞凶拒捕”“殴杀官差”，将陆名扬问成死罪，其被“即行正法，枭取首级”。亲手下令处死陆的是浙江巡抚帅承瀛，“后乃知由于官吏之酿变，深悔之”。
帅是有名的清官，《清史稿》称其“治浙数年，以廉勤著”，曾平反过著名的徐文诰冤案（《书三案始末》）。由此可见清代漕运陋规的黑暗，官吏凶横贪敛，不惜“酿变”草菅人命。陆名扬案的情节极复杂，牵扯面极广，我只不过撮其要而述之，若铺陈开来，是写影视剧的好题材。
据史料载，漕运最昌盛时期，仅从天津至通州北运河上，一年要通过漕船两万余艘，护漕官弁达12万人次，还有商船一万余艘。波光云影，舟舻相连，帆樯骈集，是何等蔚为壮观的画面！
