诸葛亮采纳了马谡的建议，在南征中区别对待反叛者，对顽固不化的反叛者坚决打击、歼灭之。他亲身指挥的西路军攻克了高定元的"窟穴"，抓获了高的妻子，接着进军到卑水(今四川会理)，攻破了高定元和雍闿的联军，杀死了高定元，又乘胜前进到达云南，会同中路军把孟获包围在曲靖一带。东路军也打败朱褒叛军，占领牂牁郡。而对于可以争取的孟获却采取了攻心为上的方针，"七纵七擒"，赦孟获以服南方。故终亮之世，南方不敢复反。诸葛亮在平定南中之后，又采取了两项严重措施：一是"以夷治夷"，实行"三不"政策。即用"不留汉官"、"不留汉兵"、"不运粮"的办法，达到"纲纪粗定，夷汉粗安"的目的。二是采取协助少数民族改进生产技术，努力发展农业生产的办法。令人教打牛以代刀耕，使西南地区少数民族"渐去山林，徙居平地，建城邑，务农桑"，"夷众感悦"(杨慎：《滇载记》)。结果西南少数民族地区经济得到了一定程度的发展。
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不仅如此，诸葛亮在南中还做了文化传播工作。东晋史学家常璩的《华阳国志》记载："南中，其俗征巫鬼，好诅盟，投石结草，官常以诅盟要之。诸葛亮乃为夷作图谱，先画天地日月君长城府，次画神龙，龙生夷及牛马驼羊。后画部主吏，乘马幡盖，巡行安恤。又画夷率牛负酒赉金宝诣之之象，以赐夷，夷甚重之。"又记道："永昌郡，古哀牢国……世世相继，分置小王，往往邑居，散在溪谷，绝域荒外，山川阴深，生民以来，未尝通中国，南中昆明祖之，故诸葛亮为图谱也"。另外，诸葛亮为了北伐曹魏，扩充兵力，还把一部分少数民族迁居蜀中。《华阳国志》载："诸葛亮平南中，移劲卒青羌万余家于蜀，为五部，所当无前，号为飞军;分其羸弱，配大姓焦、雍、娄、爨、孟、量、毛、李为部曲，置五部都尉，号五子，故南人言四姓五子也"。
