明成祖朱棣闻报后大为震怒，立刻差遣官员，星夜赶往卸石棚寨招安;但遭到唐赛儿的坚决拒绝。明王朝虽然镇压了这次农民起义，但主要起义领袖唐赛儿、宾鸿、董彦皋等都安全转移。朱棣随后将柳升下狱，并以“纵贼为乱不言”之罪名，把山东布政使、参议、按察使、按察副使、佥事和发生起义的郡县官吏，统统处死。
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为清查唐赛儿下落，又于同年3月至5月，两次下旨逮捕京师、山东境内的女尼和女道士，后又逮捕全国数万名女尼及女道士，押送京师审查，但终未发现其踪迹。由于她利用白莲教在民间的广泛影响，蛊惑群众。自号“佛母”，声称能预知未来。为防止唐赛儿出家为尼，混入道姑之流，朱棣在同年3月和5月下旨：“但凡北京和山东境内尼姑及女道士悉捕至京师诘问之。”“凡军民妇女出家为尼及道者，悉关京师。”于是先后有一万多名尼姑、道姑被逮往京师诘问，但是唐赛儿还是“不知所终”。
