紧接着，韦昌辉命令他带回来的心腹部队，将东王府围了个水泄不通，并封锁了一切通往东王府的街道。韦昌辉率人血洗了东王府，杨秀清的家人没一个生还，甚至连仆人也无一幸免。第二天，韦昌辉请示洪秀全后，将杨秀清的首级悬挂示众，同时又乘机扩大事态，派兵在江宁城中大肆屠杀杨秀清的部下及其同党，牵连范围甚广，共有三万多人遇害。一时间，江宁城内血流成河，百姓个个胆战心惊。
江宁城中的状况引起了洪秀全的警惕，于是他下诏宣布“韦氏罪行”，谴责韦昌辉杀人过多，责令受鞭刑四百。韦昌辉阳奉阴违地满口谢恩，表示“甘愿受刑”，实际上却在暗地里利用杨秀清部下被召观审的时机，实行一次更大的屠杀。韦昌辉的行为激起了太平天国广阔将士和江宁百姓的极大愤恨。
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几天后，石达开从湖北武昌前线回到江宁。他进城后，耳闻目睹了江宁的惨状，怒不可歇，一见到韦昌辉，便责备韦昌辉不该枉杀无辜。已经杀红了眼的韦昌辉，根本听不进石达开的话，反而产生了杀石达开的念头。当夜，韦昌辉率兵包围了翼王府。辛亏石达开事先有所察觉，连夜逃出了江宁。韦昌辉没有抓到石达开，便拿石达开的家人下手，将石达开留在江宁的家人杀了个精光。
石达开得知此事，愤恨不已，起兵征伐韦昌辉，他上疏天王洪秀全，要求洪秀全顺应民意，杀掉韦昌辉，并声称韦昌辉假如不死，他便班师会江宁。洪秀全也觉得韦昌辉做得太过了，狠狠地责备了他一番。韦昌辉自认帮洪秀全除掉了杨秀清，功劳不小，便不可一世，遭到责备后，心中不满，加上对最高统治权窥视已久，便出兵围攻天王府，妄图加害洪秀全。洪秀全下令反攻，仅两天便打败了韦昌辉的军队，将韦昌辉斩首示众，并将韦昌辉的党羽二百多人系数处决，以平息事端。
此后，洪秀全对翼王石达开诸多猜忌，石达开最终率十万精兵出走四川。至此，天王洪秀全的一切要挟都接触了。
所谓：“是故智者不用其所短，而用愚人之所长；不用其所拙，而用愚人之所工。”聪明的人，会利用愚笨者的长处，而不用本人不擅长的地方。这场“天京事变”，从头到尾都是洪秀全设的一个局，当杨秀清窥视他的权位时，他用韦昌辉出掉这个“逆贼”；当石达开以班师回江宁要挟他时，他又用韦昌辉换来了与石达开之间的和平。韦昌辉屠戮过多，是自取沦亡，但他在不知不觉中成了洪秀全保障权利的一颗棋子，成了这次事变中的“炮灰”。
