嫁与额驸吴应熊后，皇十四女和硕公主与额驸吴应熊定居在京城。顺治十年(1653)，额驸吴应熊被授予三等子爵。顺治十四年(1657)二月，皇十四女晋封和硕长公主。同年，吴应熊加少保兼太子太保(从一品)。顺治十六年(1659)十二月，皇十四女被封为和硕建宁长公主，后改为和硕恪纯长公主。康熙七年(1668)，吴应熊晋少傅兼太子太傅(正一品)。
本来建宁公主与额驸在京师不断加官晋爵，和美度日，孰不知南疆突变起风波，康熙十二年(1673)，平西王吴三桂自称天下都招讨兵马大元帅，蓄发易衣冠，树起白色旗帜，以复明为由，挑起反清之“三藩之乱”。建宁公主的生活由此转机，落入了人生长恨水长东的窠臼。
何为“三藩”?“三藩”指的是顺治朝清廷派驻镇守云南的平西王吴三桂、镇守广东的平南王尚可喜和镇守福建的靖南王耿继茂这3位藩王。清初开国共封了4位汉臣王爵，其中，孔有德、耿仲明、尚可喜为天聪年间即归降太宗之明朝将官，崇德元年(1636)太宗称帝时，封孔有德为恭顺王、耿仲明为怀顺王、尚可喜为智顺王，史称“三顺王”。而吴三桂则原为明朝镇守山海关之总兵，于顺治元年(1644)乞师摄政王多尔衮共同迎战李自成之农民起义军，大败李自成军后，即日“承制进三桂爵平西王”，亦即是说清廷很快就封吴三桂为平西王，授其亲王册印，并赐白银万两，良马5匹及朝衣1袭。
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至此，清廷所封汉人藩王达到4位。其后的顺治年间，朝廷命这4位藩王率所部绿旗兵平定四方，以辅八旗兵力之不足，并改封孔有德为定南王，耿仲明为靖南王，尚可喜为平南王。后因定南王孔有德在顺治九年(1652)亡于桂林，其子亦被害，故王爵除。余下三王，在平定各地之后即留镇一方，吴三桂称王云南，尚可喜镇守广东，而耿氏一族，耿仲明卒后由其子耿继茂袭王爵派驻福建，继为其长子耿精忠嗣王爵，遂成三藩。“三藩之乱”的罪魁祸首即是额驸吴应熊之父平西王吴三桂。三藩之中，以吴三桂势力最大，兵力最多亦最强，史界方家萧一山评论其“用人不受吏部、兵部之掣肘，用财不受户部之稽核”，仅云南一处每年耗国库之饷少则数百万，最多时达900余万，故有“天下赋税，半耗于三藩”之说。而耿、尚二藩虽不似吴三桂之嚣张与跋扈，但亦垄断当地之大权，各为一方之患。康熙十二年(1673)三月，平南王尚可喜年老多病且受制于酗酒嗜杀之长子尚之信，故上疏恳求归老辽东，留其子驻防广东。本来康熙帝亲政后，即不断将处置三藩看成是治国安邦的头等大事，见此撤藩之有利时机，经议政王大臣及户、兵二部共同议定，降旨准尚可喜全藩撤离。此事对吴、耿二藩震动极大，两人亦立刻恳求撤藩，本意却是在试探朝廷之态度。康熙帝推敲再三，最后降旨——三藩并撤。
