抗日和文革，湖里兴许埋骨无数
1937 年抗日战争开始后，作为校长的司徒雷登在校内升起美国国旗，以保全燕京大学。最初日本对此还颇为忌惮，不过1941年美日爆发太平洋战争后，日本宪兵队还是占领了燕大，并将师生驱逐出了校园。此后四年内，日军在里面开展了不少类似于731部队细菌实验的非人道实验，上文提到的某教学楼地下室掩埋了数千具 “马路大”的灵异故事就出自此时期。假如日军在1941年至1945年间，真的在北大进行过人体实验，那么，未名湖则绝对是一个理想的抛尸场所。
不知日军在北大内是否也进行过人体实验
新中国成立以后，1952年，燕京大学被撤销，原来燕大的校舍变成了北大。在1966年开始的那场运动中，北大成了重灾区。不少教授“或选择服毒，或选择上吊，或选择在未名湖自溺，或选择跳楼……”
最初一版北京大学范围图并不包含未名湖
自由作者庄沐阳在他的一篇名为《未名湖水怪》的文章内，塑造了一个老人角色，这位老人自称“在文革的时候是北大学生，批斗了自己的教授，结果教授当着他的面跳下了未名湖”。虽然这篇文章是虚构的，但是，文革期间，不少受迫害的北大教授选择投湖自尽，却是不争的事实。
